- Rasmol: Questo è il programma base per visualizzare strutture di molecole in 3D. E' un po' scomodo perchè i comandi devono essere digitati a mano. Però è utile per imparare...
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- RasTop: E' una versione migliorata di Rasmol, con una interfaccia molto più comoda e veloce, in cui le strutture possono essere selezionate con il mouse, e così via. Molto comodo, ma lo saprei programmare anche io, (....).
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- Swiss-Pdb Viewer: Un programma meno immediato di Rastop ma più potente.
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- MDLChime: Questo è un plug-in che deve essere installato per visualizzare strutture di proteine in un documento html. Che cos'è un plug-in? Niente di particolare, consideratelo una specie di 'patch', una upgrade del vostro browser, come Explorer o Netscape. Una volta completata l'installazione, sarete liberi di visualizzare tutte le proteine che incontrerete in pagine web, per sempre (almeno fino a quando non aggiornate o cambiate il vostro browser). Per scaricarlo, dovete registrarvi nel sito di MDLChime, una procedura un po' noiosa perchè dovete fornire i vostri dati, ed anche firmare di non essere terroristi (spero che non lo siate).
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- MDL ISIS Draw: Serve per creare strutture tridimensionali di molecole da vedere in Rasmol. L'interfaccia è molto intuitiva, create una molecola, poi selezionatela con il 'lazlo' e andate su Chemistry>View molecole in Rasmol. Potete anche esportare in file in formato .mol.
Ottimo programma, potete anche creare strutture a scheletro semplici da inserire in documenti di testo. Io mi ricordo ancora tutto il tempo che ho perso per scrivere la relazione del laboratorio di chimica organica l'anno scorso.. che poi non ho consegnato. Anche questo è della MDL, produttrice del Chime.
Programmi utili:
- Gestore_pdb.py: questo programmino in Python vi può analizzare un file .pdb facendo varie cose, come scrivere in un file la sequenza e creare uno script leggibile da Rastop con le proteine in cartoni, il DNA in spacefill e mettendo una etichetta agli N e C terminali.
Ci sto ancora lavorando su, perciò per adesso lo potete eseguire solo se avete installato Python (se state usando Linux è probabile che lo sia già) e non ancora funziona bene.
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- script per la pagina di genetica: questo è lo script in Python che ho scritto per generare la pagina delle diapositive di genetica, senza dover incollare i nomi di tutti i singoli files .ppt.
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